Перейти к сути 
Разрешить весь VPN-трафик через VPN-соединение
Надо учитывать, что некоторые виды подключения, например GRE не являются PPP.
/ip firewall filter
add chain=forward comment="Permit all PPP" in-interface=all-ppp
Разрешить PPTP-подключение/ip firewall filter
add chain=input dst-port=1723 protocol=tcp comment="Permit PPTP"
add action=accept chain=input protocol=gre comment="Permit GRE"
Разрешить L2TP-подключение/ip firewall filter
add chain=input dst-port=1701 protocol=udp comment="Permit L2TP"
Разрешить IPSec-подключение/ip firewall filter
add chain=input port=500,4500 protocol=udp comment="Permit IPSec ports 500 and 4500"
add chain=input protocol=ipsec-esp comment="Permit IPSec protocol ipsec-esp"
Разрешить OpenVPN-подключение/ip firewall filter
add action=accept chain=input dst-port=1194 protocol=tcp comment="Permit OpenVPN"
Разрешить SSTP-подключение/ip firewall filter
add action=accept chain=input dst-port=443 protocol=tcp comment="Permit SSTP"
Разрешить GRE-подключение/ip firewall filter
add action=accept chain=input protocol=gre comment="Permit GRE"
Разрешить IPIP-подключение/ip firewall filter
add action=accept chain=input protocol=ipip comment="Permit IPIP"
Прохождение IPSec при использовании Fast Track
Fast Track это опция представленная в RouterOS 6.29. С помощью этой опции можно передавать пакеты в обход ядра Linux. За счет этого существенно повышается производительность маршрутизатора.
Включить Fast Track можно следующим образом:/ip firewall filter add chain=forward action=fasttrack-connection connection-state=established,related
Это позволит пакетам у которых состояние “Established” или “Related” обходить ядро Linux и быть сразу перенаправленным к цели. Такие пакеты не будут проходить ни через одно правило файервола или другое правило обработки пакетов. Of course – a connection gains the state of established or related once it went through the firewall so it will still be secure.
Как результат появляется недостаток: соединения IPsec так же не будут обработаны. Решить эту проблему можно следующим образом.
Вначале надо пометить соединения IPsec:/ip firewall mangle
add action=mark-connection chain=forward comment="Mark IPsec" ipsec-policy=out,ipsec new-connection-mark=ipsec
add action=mark-connection chain=forward comment="Mark IPsec" ipsec-policy=in,ipsec new-connection-mark=ipsec
Далее изменить стандартное правило Fast Track так, что бы оно не обрабатывало пакеты IPsec. Изменения внесенные в стандартное правило выделены красным./ip firewall filter add action=fasttrack-connection chain=forward comment=FastTrack
connection-mark=!ipsec connection-state=established,related